El Cristo fue escoltado por la Guardia Civil con uniforme de gala, pues en esa primavera había sido nombrado hermano mayor honorario el general Bautista Sánchez. Era una manifestación de acercamiento a los cuerpos y autoridades militares que van realizando las cofradías por esos años.
En ese tiempo, accedió al cargo de hermano mayor, José Medina Rosales, hasta entonces albacea de la cofradía. Los inmediatos y anteriores hermanos mayores poco tiempo habían estado en el cargo. El Sr. Medina Rosales conseguirá en 1941 que la hermandad realizara la estación de penitencia el Jueves Santo, aunque no en la madrugada del Viernes, como era la aspiración primitiva de la cofradía. El Cardenal Parrado, uno de los prelados más intervencionistas en lo relativo a las cofradías, manifestó su deseo de que éstas realizaran sus estaciones siguiendo un orden cronológico de la Pasión de Cristo, quizá el cambio de día pudo deberse a este deseo del Prelado. De ese modo, la hermandad procesionó por primera vez el Jueves Santo, haciéndolo antes de la Cofradía del Silencio, ambas de cuyas imágenes eran Crucificados. Sin embargo, al año siguiente volvió a procesionar el Martes Santo.
El Viernes Santo de 1941, en el acto de las tres de la tarde ante el Cristo de los Favores del Campo del Príncipe, la hermandad organizó un besapies a la imagen del monumento, para el que montó una plataforma con escalinatas de acceso y descenso a los lados para que los fieles pudieran acceder a la imagen. Fue este besapies tan participativo que duró hasta las once de la noche.
A pesar de no contar con imagen de la Virgen el número de señoras, que participaban en la procesión vestidas con la mantilla, era bastante considerable, siendo la que las organizaba la vice-camarera mayor, doña Trinidad Morcillo Raya, reconocida diseñadora, bordadora y profesora de la Escuela de Artes y Oficios, así como hermana de famoso pintor Gabriel Morcillo.
Tampoco, estuvo mucho tiempo de hermano mayor José Medina Rosales, que también lo era de la antigua hermandad de la Purísima Concepción de la iglesia de Santa Ana. Puede que ambos cargos le fueran incompatibles, pues en 1942 deja el cargo que desempeñaba en la Hermandad de los Favores y lo sucede Antonio Arcas Carmona con el Coronel Nestares, como mayordomo mayor, tomando posesión de los cargos el día 6 de enero de 1943. En apenas quince años de vida de la hermandad había tenido nueve hermanos mayores, algunos de ellos habían ejercido el cargo solo nominalmente.
En esa nueva junta se encarga la realización de un nuevo paso para el Cristo al escultor granadino Nicolás Prados López, que había sido discípulo del también granadino, Luis de Vicente, el gran creador de los primeros grandes pasos de Málaga de destacada riqueza ornamental (1922 Esperanza y Nazareno del Paso, 1924) y algunos más. También realizó pasos para la Semana Santa de Cartagena. A Luis de Vicente, que como se ha dicho, diseñó la estética de la Hermandad de la Alhambra, le siguieron otros artistas, entre ellos, aunque más modestamente, Prados López, quizá por el menor potencial económico de nuestras cofradías o por no permitir las puertas de las iglesias granadinas la salida de esos grandes pasos, que en Málaga se montaban en tinglados en calles y plazas y no salían de las iglesias por sus grandes dimensiones.