Otra vez se suspendieron muchas estaciones de penitencia por causa de la lluvia en la Semana Santa de 2012, especialmente en los días de Lunes, Martes, Jueves y Viernes Santos. Este último día, la del Cristo de la Buena Muerte tuvo que volver a su iglesia, nada más salir, y las otras cofradías retrasaron su estación penitencial, poniéndose más tarde en la calle, entre ellas la Hermandad de los Favores. Discurría la cofradía por las inmediaciones de la Catedral, cuando una llovizna persistente hizo que se tuvieran que proteger los pasos con plásticos para el regreso a su templo, pero pudo completar su estación con algunas treguas en las que cesó la lluvia.
Era clásico el exorno floral de los paso de esta hermandad; el Cristo de los Favores, siempre iba con un calvario de tupido rojo clavel y María Stma. de la Misericordia con flor blanca, a veces clavel, a veces fucsias, a veces rosas. Pero ese año, siendo el calvario de Cristo de clavel rojo, a los pies de la cruz surgió un espacio de lirios color violeta, quizá para significar o simbolizar la calma de la muerte del Salvador, cuando todo el mandato de Dios al Hijo se había cumplido.
Finalizaba el curso cofrade y según las prescripciones del Estatuto Marco para las hermandades había que celebrar elecciones al cargo de hermano mayor, para sustituir a Juan Carlos López Cuevas, que llevaba los cuatro años reglamentarios desempeñando esa función. Las elecciones se celebraron el 16 de junio, con las candidaturas de él, Eduardo Carvajal y José Moreno. El resultado de las mismas fue la elección de Francisco Cordones Ruiz, empresario de hostelería, veterano cofrade y capataz del paso del Cristo de los Favores, durante 25 años. Procedía del equipo de José Carvajal, habiendo sido nombrado capataz general de la cofradía en 2008 y desempañados diversos cargos en la junta de gobierno en los dos mandatos anteriores.
A Francisco Cordones lo sucedió, en 2012, como capataz general de la hermandad Alberto Ortega García experimentado y valorado capataz, que lo había sido del Cristo de los Favores en los años 2003 y 2007, para desde ese momento llevar la responsabilidad general de las cuadrillas.
No sólo ha sido capataz de los pasos de esta cofradía, sino también, de otras hermandades granadinas. Así mismo, lleva la responsabilidad como director de la revista de la hermandad «Favores», desde hace años.
El Viernes Santo de 2013 aunque con cierta incertidumbre meteorológica la hermandad salió a realizar su estación de penitencia sin incidencias de ese tipo, hasta que a la llegada a la Catedral empezó a caer alguna llovizna que hizo acelerar la marcha de regreso a su templo. Ese año la Virgen de la Misericordia lució la saya de terciopelo azul bordada en oro y sedas, que había sido restaurada por el taller granadino de José Manuel Martínez Hurtado.